A minha equipe estava trabalhando em um projeto antigo e precisei fazer um merge. Uma situação relativamente simples de ser resolvida. Durante o merge foi aberto o programa Meld[1] e a comparação do texto não foi o que eu esperava pois o código comparado estava em uma lingua parecida com o japonês/chinês.
Pesquisei a solução e descobri que o problema estava na codificação do software para merge. No projeto que estava trabalhando, a codificação era latin-1 e por padrão a codificação do Meld era utf-8.
A solução utilizada foi primeiro checar o encoding suportado através do comando
$ gsettings get org.gnome.meld detect-encodings
['utf8']
Assim confirmei que estava somente aceitando utf-8. Para suportar o latin-1 executei o seguinte comando:
gsettings set org.gnome.meld detect-encodings "['utf8','latin1']"
Com isso, conseguir realizar o merge.
O caso apresentado é voltado para latin1. Se seu projeto for de outro encoding faça o mesmo processo alterando o latin1 para o encoding que utilizar.
Fontes:
[1] Meld